Dans un monde où les kimonos côtoient les flingues et les téléphones cellulaires, vit Afro, le samouraï noir. Il est à la recherche de Justice, l'homme qui, en tuant son père, est devenu le combattant N°1. Depuis ce jour, Afro s'est battu, devenant plus fort, il a ainsi gagné le bandeau du N°2, seul habilité à pouvoir se mesurer au No.1.
Taciturne et solitaire, Afro, accompagné de Ninja Ninja, affrontera les bandits, les chasseurs de primes et les moines fanatiques qui se placeront sur le chemin de sa vengeance.

Afro Samurai est la production la plus chère du studio Gonzo. En plus de ça, cet animé a bénéficié de la présence de Samuel L. Jackson, aussi bien pour la production que pour le doublage. En effet, il a participé à l'adaptation de ce dessin animé pour la télévision, et c'est également lui qui prête sa voix au personnage d'Afro Samurai (et Ninja Ninja) dans la version américaine.
Face à lui, Ron Perlman, "gueule" du cinéma (Alien la résurection), est la voix de Justice. La bande son, quant à elle, est signée RZA, leader du culte Wu-Tang Clan.
À noter que Afro Samurai, de par son extrême violence, est interdit aux moins de seize ans.

Une adaptation sur grand écran a un temps été prévue... avec Samuel L. Jackson ! Mais on a aucune nouvelle du projet depuis quelques années. En revanche, un film animé intitulé Afro Samurai: Resurrection a été réalisé en 2009.