Les policiers Miwako Satô et Wataru Takagi arrêtent deux voleurs qui ont braqué un supermarché. Au lieu de dire pourquoi il a commis ce larcin, l’un des voleurs prononce les mots "île de Koumi" et "Jolly Roger". L’île de Koumi se trouve être justement le lieu où Conan, Ran, Sonoko, Kogoro, le professeur Agasa, Aï et les Detective Boys passent leurs vacances ! En effet, grâce à l’aide de Conan, Kogoro a gagné à un jeu et remporté une grosse somme d’argent. Cette île est particulièrement prisée des touristes car non seulement elle est très belle mais en plus quelques trésors y ont été trouvés il a 2 semaines ! Les chasseurs de trésors affluent donc, espérant en trouver d’autres... Les Detective Boys sont excités par cette histoire de chasse au trésor et entraînent Conan et Aï à en faire une avec eux tandis que Ran et Sonoko vont faire de la plongée pour voir des ruines immergées. Mais dans ces ruines se trouvent trois plongeurs qui se font attaquer par des requins. Ils réussissent à les mettre en fuite (Ran, Sonoko et leur instructrice Kimiko Yamaguchi parviennent à échapper aux requins aussi) mais l’un des plongeurs est grièvement blessé et décède plus tard à l’hôpital. Conan, qui a rejoint Ran car il s’inquiétait pour elle, découvre vite que le plongeur a été piégé et que les requins s'en sont pris à lui à cause d'une poche de sang de poisson dans sa combinaison. Il s'agit donc d'un meurtre.

Plus tard, les deux plongeurs survivants dérobent dans un musée les armes d’Anne Bonny et Mary Read, deux femmes pirates très célèbres sur l’île et qui auraient caché un butin dans les alentours il y a 300 ans. Puis, ils prennent Ran et Sonoko en otage et partent avec elles sur l'île voisine de Yorioyajima. C'est sur cette île, qui est aujourd'hui immergée, qu'Anne et Mary ont caché ce que les deux plongeurs recherchent. Dans le même temps, Conan, Aï et les Detective Boys ont réussi à résoudre les énigmes de la chasse au trésor et ont également découvert que le trésor en question se trouve à Yorioyajima...

Jolly Roger et le Cercueil Bleu Azur est le onzième long-métrage dérivé de la très populaire licence Détective Conan. Les films précédents ayant tous employé, plus ou moins, la même recette, ce onzième opus apporte de l’originalité qui est bienvenue. Ainsi, l’enquête pour déterminer l’auteur d’un ou plusieurs crime(s) passe au second plan au profit d'une chasse au trésor assez ludique. De plus, on évite (presque) le côté film catastrophe de la plupart des opus précédents et c’est tant mieux car cela commençait à devenir redondant. Enfin, on notera que la seconde partie du long-métrage fait la part belle au duo Ran-Sonoko. D’ailleurs, c’est la première fois que Sonoko figure dans la traditionnelle scène de présentation des personnages (et de l’histoire). Parmi les autres points positifs, il faut souligner que les personnages secondaires, beaucoup moins nombreux que dans le film précédent sont plus actifs qu’à l’accoutumée.

Cette œuvre nous plonge dans l’univers de la piraterie. En effet, le Jolly Roger du titre est le fameux drapeau noir avec une tête de mort qui ornait les navires des pirates. Mais, encore plus intéressant, ce sont deux femmes pirates qui sont mises à l’honneur, ce qui est rare car d’habitude ce sont plutôt les hommes qui sont exposés. Anne Bonny et Mary Read ont réellement existé : la première était Irlandaise et la seconde Anglaise. Travesties en homme, elle ont opéré dans les Caraïbes avec leur complice Jack Rackham (qui a inspiré Rackham le Rouge dans Tintin et Jack Sparrow dans Pirate des Caraïbes).

Petite anecdote : dans la scène d'ouverture, Miwako et Wataru attrapent deux brigands qui portent des masques de... Lupin et Fujiko, personnages de Lupin III/Edgar, détective cambrioleur. C’est donc la première incursion du gentleman cambrioleur dans la licence Détective Conan ! (les deux univers auront droit à un film et à un téléfilm commun dans les années 2010) Miwako révèle même que Lupin est son premier amour !